Sejarah GKJ Kartasura dimulai sejak tahun 1920 sampai dengan tahun 1930-an. Di wilayah Kartasura benih kekristenan yang pertama berasal dari Pekabaran Injil (PI) yang dilakukan oleh para Guru Injil aliran Kyai Sadrah yakni dari Gereja Kerasulan. Hasil dari PI tersebut, di Dukuh Pandeyan dan Mangkubumen dibuka kelompok ibadah gereja Kerasulan. Pada tahun 1925 dengan dibukanya sekolah rakyat Kristen yang pada setiap bulan Desember mengadakan perayaan Natal. Selanjutnya para guru Injil memulai ibadah yang bertempat di Sekolah Rakyat Kristen yang dibantu oleh Bapak Siswo Prasodjo (Kepala Sekolah), Bapak Srijono (Mantri Poliklinik), keluarga Liem Niek Ing dan Guru Injil Martoredjo yang lulus dari sekolah-sekolah khusus guru injil pada tahun 1923. Pelayanan Bapak Martoredjo meluas sampai dengan Sambi, simo wilayah Boyolali dan Klaten. Kemudian kira-kira pada tahun 1928, para guru injil dari Gereja Kristen jawa (GKJ) masuk ke wilayah Kartasura yang kemudian juga memulai kelompok ibadah di rumah Bapak Martoredjo.

Selanjutnya, kira-kira pada tahun 1931 oleh Bapak Dwi Hatmodjo Guru Sekolah Rakyat Kristen dan beberapa rekannya mempunyai keinginan untuk menggabungkan warga gereja kerasulan dan warga gereja GKJ. Pada tahun 1933 atas keputusan Majelis gereja tempat ibadah yang berada di Sekolah Rakyat Kristen dipindah ke Poliklinik kemudian pindah ke kantor polisi, setelah itu pindah lagi di Rumah Sakit Panti Waluyo Kartasura. Kelompok ibadah yang telah digabung menjadi satu tersebut, pada tanggal 20 Desember 1935 ditetapkan menjadi jemaat dewasa oleh Bapak Ds. H. A. van Andel (dibaca : Domine van Andel) dari GKJ Margoyudan Solo dengan nama resmi Gereja Kristen Jawa Kartasura. Sedangkan jemaat yang berada di Pandeyan pindah ke daerah Gebyog dan dewasa menjadi GKJ Gebyog.

Setelah ditetapkan sebagai jemaat yang dewasa pada tahun 1952, GKJ Kartasura bertumbuh dan berkembang dengan baik. Bapak. K. Tjipto Hardjono, Guru Sekolah Rakyat (SR) yang berasal dari kota Kulon Progo, menjadi warga jemaat GKJ Kartasura. Melalui pelayanan dan kerjasamanya dengan bapak Ds. S. Purwowidagdo, jemaat akhirnya mempunyai tanah dan rumah dari bapak Anwar Santoso, di desa Klinggen, Ngadirejo, Kartasura. (Sekarang: Jalan Ahmad Yani 203 Kartasura).

Pelayanan Pekabaran Injil (PI) dilakukan antara GKJ, GKI dan GUP. PI ini dilakukan pada awal tahun 1956 oleh Bp. K. Tjipto Hardjono, Bp. Setyo Wardojo, Bp. Efrayim, Bp. Pontjo Iskandar, Bp. Wongso, Mbah Turut lan Bp. Narso Wirjanto. Wilayah Pelayanan GKJ Kartasura berkembang sampai wilayah Gebyog, Grogolan, Rejoso, Karangduren, Kalitan, Ngabeyan, Denggungan, dan Mangunrejo/Panasan baru. Tanggal 1 Agustus 1957 GKJ Kartosuro memanggil Bapak Mateus Mantosoewignjo sebagai Guru Injil. Karena ketekunan terhadap panggilan Tuhan, maka pada tanggal 15 Agustus 1969, Bapak. Mateus Mantosoewignjo ditetapkan sebagai Pendeta di jemaat GKJ Kartasura.

Oleh karena kasih dan kemurahan Tuhan, GKJ Kartasura memiliki 11 (sebelas) tempat ibadah yaitu Gereja Induk, 8 (delapan) di Pepanthan dan 2 (dua) kelompok ibadah. Pada tanggal 1 Oktober 1997, jemaat Gebyog yang telah menjadi pepanthan GKJ kartasura sejak 26 Desember 1965, didewasakan menjadi jemaat dewasa dengan nama GKJ Gebyog. Selang beberapa tahun tepatnya pada tanggal 4 Oktober 2002, GKJ Kartasura mendewasakan lagi 3 pepanthannya dan bergabung menjadi satu menjadi GKJ Sabda Mulya. Ketiga pepanthan tersebut adalah pepanthan Denggungan (berdiri tahun 1973) dengan tempat ibadah dirumah bapak E. Sagimin,  Pepanthan Mangurejo/ Panasan Baru. (berdiri 4 Juli 1982) tempat ibadah dirumah bapak. Suwarno K. dan pepanthan Ngabeyan, (berdiri 7 Oktober 1984) dengan tempat ibadah di rumah bapak Daman Tri Saputro. Sedangkan Pepanthan Kertonatan yang berdiri 2 Februuari 1986 dan tempat ibadahnya berada di Aula SMP Kristen Kartasura telah mempunyai tempat ibadah sendiri  dengan nama Pepanthan Purwogondo GKJ Kartasura.

Demikan pula dengan pepanthan karangduren yang didirikan pada tahun 1966, yang pada saat itu beribadah di rumah Bp. Harto Sudarmo, Bp. Sutam pada tanggal 22 April 2005, telah juga menjadi gereja dewasa dengan nama GKJ Cipta Wening. Sedangkan pepanthan Grogolan/Pucangan, yang berdiri tahun 1968 tempat ibadahnya bertempat di rumah Bp. Hadi Sunarto,  Pepanthan Rejoso, yang berdiri tahun 1969 dengan tempat ibadah di rumah Bp. Dwijo Martono ikut bergabung dengan GKJ Cipta Wening. Kelompok pangibadah Bangak bertempat dirumah Bapak Suparman kemudian pindah dirumah Bapak D. Suyatno dan kelompok Ibadah Bolon, bertempat di rumah Bapak Suparmo.

Oleh karena luasnya daerah pelayanan Majelis GKJ kartasura, maka jemaat melalui Majelis memanggil pendeta yang kedua yaitu bapak Pdt. Sri Widjojo, SM.Th yang ditahbiskan pada tanggal 10 Mei 1990 dengan masa vikariat mulai bulan Juli 1986 di GKJ Kartasura.

Pada tanggal 22 April 2005 GKJ Kartasura memanggil sdr. Setiyadi.S.Si yang ditetapkan sebagai pendeta di GKJ Cipta Wening, bersamaan dengan didewasakannya jemaat GKJ Kartasura pepanthan Karangduren, Rejoso, Pucangan (sebagai Gereja Induk). Berselang empat tahun kemudian GKJ Kartasura memanggil sdr. Lidia Natalia, S.Si untuk melayani di GKJ Kartasura. Tanggal 26 Oktober 2010 menjadi hari ditahbiskannya sdr. Lidia Natalia, S.Si sebagai pendeta GKJ Kartasura yang ketiga.